VLČR sdružuje v současné době celkem 24 lóží:

Číslo	Název	Orient	Poznámka
1	Národ	Praha
2	Dílo	Praha
3	Most	Praha
4	U tří hvězd	Praha
5	Josef Dobrovský	Plzeň
6	Ján Kollár	Praha	Toho času uspaná.
7	Alphonse Mucha	Praha	Pracuje ve francouzštině.
8	Goethe v údolí míru	Mariánské Lázně	Pracuje dvojjazyčně - česky a německy.
9	Quatuor coronati	Praha	Badatelská lóže.
10	U vycházejícího Slunce	Brno
12	Hiram	Praha	Pracuje v angličtině.
13	La Sincérité	Praha	Pracuje v němčině.
15	Comenius 17.11.1989	Praha
16	Dílna lidskosti	Praha
17	Cestou světla	Brno
19	Lux in tenebris	Ostrava
20	Petra Solaris	Praha
21	Sibi et posteris	Praha
22	Santini	Praha	Pracuje v italštině.
23	Templum Sapientiae	Brno
24	Bratrství	Podivín	Toho času uspaná.
25	Lasenic	Praha
26	Josef Gočár	Hradec Králové
27	Lafayettova na třech rovinách	Olomouc

Číslo lóže nevyjadřuje její stáří ani postavení v rámci obedience. Je to prostě pořadí, v jakém se stala součástí VLČR.
Lóže nesoucí původně čísla 11 (Kosmopolis), 14 (Libertas) a 18 (Humanizmus) sídlí v Bratislavě a v roce 2009 se staly zakládajícími lóžemi Veliké Lóže Slovenska.
Lóže č. 9 Quatuor coronati je lóže se speciálním statutem. Je zaměřena na výzkum zednářské historie. Jejími členy se mohou stát pouze zednáři, kteří již jsou členy některé jiné lóže VLČR.